La asociación será gestionada y representada por una junta directiva, elegidas en asamblea general. Cada cargo tiene una duración de 2 años prorrogable a otros 2.
La asamblea está formada por las personas miembro de la entidad y es el órgano soberano de toma de decisiones.
Los grupos de trabajos son la unidad básica de la organización para garantizar una gestión participativa de la misma, no son órganos de gestión ni de representación. Desarrollan las tareas designadas para alcanzar los objetivos fijados en los estatutos o lo que le encargue la asamblea o directiva. Estarán formados por integrantes de los colectivos o las personas que pertenezcan a la asociación, así como otras personas de la comunidad que decidan implicarse.
- Grupo de feminismos: Coordinada por la vocalía de Feminismo, espacio mixto formado por integrantes de la radio y vecinas de Palma-Palmilla. su principal misión es trabajar porque la perspectiva de género esté presente y se incluya tanto en la parrilla de programación como en el día a día de la radio. el grupo también promueve otras actividades feministas dentro de Onda Color que no son exclusivamente radiofónicas.
- Grupo de Economía: coordinada por tesorería, su función es encargarse de los asuntos económicos y de buscar y supervisar redes de financiación
- Grupo de Formación: coordinado por la vocalía de Formación, se encargará de formar y asesorar a las personas y asociaciones que quieran realizar programas o colaborar en algunas de los grupos de trabajo de Onda Color.
- Grupo de Programación: coordinado por la vocalía de Programación, se ocupará de estudiar los proyectos de comunicación que aspiren a participar en los medios de comunicación de la asociación y de programa externos, así como de tener actualizado el archivo musical.
- Grupo de Redes: coordinado por la vocalía de redes, su función es la de buscar y contactar con colectivos estratégicos para animarlos a implicarse en el funcionamiento en el funcionamiento diario de la radio.
- Grupo de Proyectos: coordinado por la vocalía de proyectos, su función es elaborar proyectos que conectan a la comunidad con los objetivos de Onda Color.